لا تُعد الثلاجة مكاناً مناسباً لحفظ الطماطم، فدرجة حرارة الثلاجة غالباً ما تكون أقل من ثمانية درجات مئوية، ودرجات الحرارة هذه تتعارض مع معدلات النضج الفعلي للطماطم، ورغم أن الطماطم التي تُضع في الثلاجة تتحول مع الوقت إلى اللون الأحمر، إلا أنها لن تحتفظ بصفات الطماطم الذيذة والطرية في الوقت نفسه، كما أن حفظ الطماطم في الشمس تؤدي إلى رفع درجة حرارتها وزيادة في نضجها بصورة غير متساوية.
وهنالك حلول بديلة يجب أخذها بعين الإعتبار، ومن هذه الحلول حفظ الطماطم بدرجة حرارة أقل من معدلتها الإعتيادية في مستودع مخصص أو في المطبخ حتى تصبح أكثر نضجاً. ومن ثم مراقبتها بصورة مستمرة، وإذا أصبحت كذلك يجب وضعها في أقل أقسام الثلاجة برودة، وذلك للحفاظ عليها كطبيعتها الإعتيادية وفي نفس الوقت تمنع تسرب العفن نتيجة لدرجة الحرارة الزائدة.
وعندما يكون هنالك كمية من الطماطم لم تنضج بعد، وإحتاج الإنسان إلى طماطم ناضجة في تلك الآونة، يجب أخذ قدر الحاجة من الطماطم غير الناضجة ومن ثم وضعها في كيس ورق مثقوب أو في طاسه ذات غطاء خارجي، ومن ثم وضع معها تفاحة ناضجة، نظراً لما تنتجه التفاحة من غاز الإيثيلين الذي يقوم بدوره في تسريع عملية النضج للطماطم.
كما ويجب تفقد مخزون الطماطم بانتظام، فحتى لو بدت الطماطم متشابهة لدرجة كبيرة في معدل نضجها عند جلبها من السوق، بحيث ستنضج كل حبة منها بصورة منفردة، ومن الملحوظ أن العفن بدأ فعلياً في حبة واحدة منها، فهذا يعني أن كافة مخزون الطماطم معرض للعفن كسابقها، فإذا كانت الطماطم في حالة نضج تام ولا تحتاج المزيد من الحرارة، فلا بد من وضعها في الثلاجة ولكن ينبغي إخراجها من الثلاجة قبل وضعها بساعة تقريباً على الأقل مع الطعام حتى تسخن. ومن المعلوم أن الطماطم غير المبردة أفضل طعماً بشكل كبير من الطماطم المباردة.
ومن الملحوظ أيضاً انه في حالة كان في البيت مكان لا يزيد درجة حرارته عن معدل 10-15%، وفي هذه الحالة يمكن وضع الطماطم الخضراء لمدة تتراوح ما بين أربعة إلى ستة أسابيع تقريباً، فور وضعها في قفص مصنوع من الكرتون أو قفص من الجرائد شريطة أن لا تزيد الطماطم عن معدل طبقتين، وينبغي تفقدها باستمرار أسبوعياً مع إخراج التي تحول لونها للأحمر، كما وينبغي حفظها بمكان منفصل عن المجموعات واستعمالها في المطبخ.
كما يستطيع الإنسان حفظ الطماطم المقطعة، إما كشرائح أو كقطع في الثلاجة، شريطة تغطيتها بالبلاستيك العازل لمدة تتراوح بين يومين إلى ثلاثة، ويجب إخراجها من الثلاجة قبل تقديمها لتصبح ذو مذاق مميز.